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故事发生在数百年后的公元25世纪,那时,人类的居所早已不在仅限于地球,越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时,以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生,因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此,一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中,有一个秘密的小分队,人们称之为ES member,队员们在身怀绝技的同时,也有着过人的智商和勇气。性格开朗的艾克蕾尔(永田亮子 配音)就是秘密小队中的一员,她以其卓越的力量和速度成为了小队中的中坚分子。作为艾克蕾尔的搭档,琉米爱尔(平野绫 配音)虽然有着娇小的体型,但她特有的能力是其他人所无法替代的。站在她们敌对方的,是那些在宇宙中臭名昭著的诈骗犯和恐怖分子,这两个柔弱的女孩能够顺利完成她们的任务吗?
草薙素子之后,巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件,由于受害者家属均无公诉,且死者中有政客与公安官员,于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型,应部分顾客要求,该机型同时具备异性玩伴的功能,巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手,卷入与黑帮的战斗,期间有人入侵他的大脑,使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部,他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆,后者布下系统陷阱,幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索,巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船,素子再次降临他的身边,与其并肩作战。