公元2029年,未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化,于是,专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子,作为一位全身“义体化”的女警,带领公安9课不断展开行动。是次,公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事,又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际,傀儡师竟然不请自来,出现在公安9课!素子与她的战友们,不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编,系剧情不变、画面完全重制的作品。
京生在一家精神病医院里做护理工作。起初,他感觉精神病院里的世界是那样的混乱压抑得让人透不过气来,但是渐渐地他开始熟悉并习惯了病人的异常习性,他经常参与到他们的娱乐活动中去,跟他们玩在一块儿,少了很多隔膜。一天,年轻的姑娘纪云被母亲送到医院来。因为床位紧张,纪云的床位不得已被安设在地下室,而京生则负责照看她。京生开始被纪云和她不断重复讲述的梦所吸引:“红珠子,红珠子,满地的红珠子……”——他试图从中找到纪云的“病根”,他想知道那个被不断强调与填充的丰富诡异的红珠子的梦的背后到底隐藏着什么秘密。在这过程中,纪云激烈地反抗他,甚至弄伤了他,但金生却义无返顾不可思议的越陷越深,他们俩的关系也急剧升温……片尾,从冷酷的记忆回到现实的温暖,京生在小饭馆里等着他的恋人——纪云的到来,嘈杂喧闹声中纪云推门进来,坐下,黑场。