青年军官冼文弓从军部调到三连任指导员。面对三连战士的知识结构变化和连队建设中出现的新问题，冼文弓决心配合连长王自委做好工作，改变三连目前的现状，带出一支各方面都过得硬的连队。到任没几天时间，冼文弓就在细心的观察中发现，战士张久光是战友们中的“青年才俊”，饲养员刘明天在驯养狍子方面有自己的绝活。冼文弓公开表示要以张久光和刘明天为师，这让连长王自委觉得很不舒服，不舒服的原因是，张久光是一个爱提意见的“刺儿头”，刘明天曾驾车出过事、轧死过人，从军事劳教所出来后，与死者的妻子——一个小学教师李罗兰的关系暧昧。连长王自委表现出来的“不舒服”，冼文弓装作没看见，但私下里试探着想跟连长交换各自的意见。冼文弓一边注意配合连长王自委做好军事工作，一边以新的工作方法做战士的思想工作。冼文弓和战士们一起学习、训练，同吃同住，同甘共苦。休息日、节假日，冼文弓带着战士们一起玩，张久光试探性地约冼文弓去打扑克，冼文弓不仅按时赴约，还鼓励大家伙要创新玩法，把扑克打出新水平。短短一个月的时间，冼文弓就赢得了战士们的信任和敬重。冼文弓进而向战士发出“征求意见书”，自费买来纪念品，奖励提了好建议的战士。冼文弓悄悄地影响和改变着连队，这让连长王自委大惑不解。王自委以为这是冼文弓存心和他过不去，以身体不适为由住进了卫生所。冼文弓代表连队去看望李罗兰，弄清了刘明天与李罗兰的关系，为刘明天无私助人的精神所感动。冼文弓对刘明天的精神大加赞誉，这让刘明天深为感动。张久光在冼文弓的鼓励下，也积极准备报考军校，三连处处洋溢着生机勃勃的训练、学习场景，干群关系得到缓解，战士慢慢向干部说出心里话。三连很快甩掉了“鸡毛连”的落后帽子。三连的巨大变化引起了军首长的关注，军首长下连检查三连的工作。为了招待军首长，王连长坚持杀掉刘明天的狍子，刘明天死活不肯。冼文弓在与刘明天一起去打野物时不慎受伤。为了给腰部受伤的冼文弓做条狍皮褥子，夜深人静的索伦河谷，刘明天将枪口对准了他心爱的狍子。

一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。

何嘉慧（夏文汐 饰）在结婚当天误伤了未婚夫阿良（任达华 饰）的债主，接着被判入狱。她对监狱里的生活十分不习惯，感觉自己完全没有了自尊，生性倔强的她也卷入了监狱里的明争暗斗中，幸好她认识了大家姐（郑裕玲 饰）、阿琴（冯宝宝 饰）等人，也总算有个朋友互相照顾。她们一起挣扎生活着，面对很多不公平的对待，警官与罪犯的互相勾结，让她们受尽欺凌，在嘉慧痛不欲生之际，却发现自己怀孕了。

新宿是东京仅次于银座的繁华地带，人口最为密集，充满了混乱气息。一天，突然有人大叫“小偷”，一群追赶的人们把小偷抓住，剥开衣服，只剩一条兜档布，腹部露出樱花纹身，追赶的人们都说“服了”，全都倒立起来，事件随即演变成“现场剧院”的表演宣传。一个叫鸟男的旁观者走进新宿车站附近的一间书店里，偷了几本性科学和人体美术书，被店员梅子扭送到老板处。鸟男在被抓时还在不断的偷，并说“我差一点就要射精了”，被抓后鸟男也丝毫没有认罪的态度。老板对鸟男偷书的选择很赏识，反而拿钱叫梅子陪鸟男上餐厅。两人一起看偷来的书，互相挑逗，当夜作爱，但很不成功。次日，两人请教性科学家，露骨的关于性爱的讨论和场面不断出现在银幕上，但两人兴趣索然。为刺激性欲，两人去偷看艺妓作爱，这些人为了帮助这两个缺乏性经验的男女，假装要强奸梅子，却假戏真做。深夜，梅子在书店把一本本有趣的书堆起来，每拿一本书，画面就出现作者的肖像，并朗读一段章节。后来。两个人加入了“现场剧院”的“期待扰乱戏剧”，梅子用月经模拟出剖腹的样子。此时，新宿街头的年轻人开始投掷石块。影片最后，反日共派的全日本学生自治会大联合的学生们在反战日袭击了新宿车站。