故事发生在地处偏远，风景秀丽的青翠村，这里民风淳朴，村民们宛如一家人，其乐融融。然而，某日，一张铁丝网从天而降将村子一分为二，使得原本的亲朋和好友再也不能够相见，这令彼此之间有着深厚情谊的村民们感到十分痛苦。一晃眼三十年过去，村子分裂的状况没有得到任何改善。孔英坦是村里新来的老师，起初，这里友好的氛围令他放下了戒备，然而，随着时间的推移，孔英坦发现整个村庄里弥漫着一种诡异的气氛，直觉告诉他，这里一定有什么不好的事情正在发生。某日，四处转悠的孔英坦于无意之中发现了一个地洞，他的发现让整个村子都陷入了危机之中，在这个地洞里究竟隐藏了怎样的秘密呢？

香港地区一起杀人案的唯一目击证人Michelle（钟丽缇 饰）正被杀手追杀，因为其未婚夫是与大陆高层关系密切的富商，身手不凡的中国特警许正阳（李连杰 饰）便被中央委派去香港保护Michelle。两人初接触时互看两生厌，但慢慢都发现了对方的优点并产生了感情，然而因为身 份和工作性质，许正阳尽量将感情压抑，却免不了在刻意回避时患得患失，就在两人感觉无从择决时，一个异常危险的杀手悄悄靠近了他们。

一个热爱动物的老奶奶，在无力照顾果汁时费尽心思替果汁寻找新的幸福生活，却又在机缘巧合下让果汁感受了不同家庭的喜怒哀乐。

環境学者である西山玄学は、企業や企業の肩を持つ警察の圧力に屈することなく公害の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。まり子と中川の前で、父の西山玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない。結婚しても子供は作るな」と残酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のため巨大化したナメクジが大発生する。日本各地では奇形児が増加する一方で、亜鉛鉱山周辺では特定の能力が異常に発達した子供が現れる。中川の実家がある漁村が赤潮で全滅した夜、中川とまり子は互いに惹かれ、ついに船の上で結ばれる。西山は、人類の行き過ぎた開発が人類を滅亡させるとして、必要以上の生産を止めるよう提言するが、人々の興味は生活の向上や生産の増加に向いており、逆に「ヒューマニズムの崩壊」と批判される始末。国際会議も、発展途上国の人口増加が環境破壊に拍車をかけていると主張する先進国と、先進国の資源浪費が環境破壊の原因だと反論する発展途上国が対立して紛糾する。そんな中、太平洋上の海面が凍りつき、エジプトで雪が降るなどの異常気象が発生。さらに、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注いだとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣されることになった。西山の研究所からも2人の部下が派遣される。しかし合同調査隊は行方不明になり、西山や中川らによる第2次合同調査隊が派遣された。そこで彼らが目の当たりにしたのは、放射能によって巨大化した動植物や、食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と化した第1次調査隊隊員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止する玄学だが、「こうするほかに何ができますか?」と反論された玄学も、自ら自分の部下を射殺するしかなかった。その頃、SST事故によるオゾン層の破壊で日本列島に超紫外線が降り注ぎ、山火事やコンビナートの炎上が続発。さらに、異常気象は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒並み全滅。暴騰する食料価格や大災害で人心は荒廃し、食料目当ての暴動や若者の退廃が進行。ついにそれによる二次災害までが発生し、東京の空はオゾン層の歪みで巨大な鏡と化した。大災害が頻発する中、西山の妻である伸枝は病に倒れ、玄学の腕に抱かれながら息を引き取る。その一方で、まり子の体には新しい命が宿っていた。度重なる天変地異に、西山は国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。その凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政治家として大きな決断を迫られた。その決断とは…。