宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……

希望村的小学破烂不堪，村中在外当老板的杨刚答应了赞助十万块钱，村长经过斟酌，让憨厚朴实的钢蛋去城里拿回捐助款。在进城的长途车上遇到了拦路抢劫的一帮笨贼，和一位救子心切的父亲路四林，二人合力把劫匪赶下车，在混乱之中，钢蛋和路四林的物品应差阳错的被调包。 钢蛋进城后拿到捐助款就赶往回村的车站，在路上被车上的三名笨贼抢走了捐助款，于是开始追查笨贼的下落，几番周折找到笨贼的窝点。 路四林为了拿回自己的东西，四处打听，最后得知钢蛋已经前往笨贼的窝点。 三帮人巧合的在笨贼窝点相聚，钢蛋和路四林将笨贼们绳之于法，拿着捐助款回到了村里，修盖了村里的学校。

改革开放初期，黎小军（黎明 饰）告别女友小婷（杨恭如 饰）从天津（国语版中为无锡）来到香港讨生活，期望有天挣到大钱把小婷接来与之风风光光地成婚，没料想日子会比想象中的难熬许多。黎小军在快餐店与同样从大陆到港讨生活但避讳谈自己身份的李翘（张曼玉 饰）结识后，因为共同喜爱邓丽君，两人人在异乡的孤独都有了某种程度的缓解，并在交往的过程中生出了真爱，可是世事难料，两人最终无奈分手，黎小军成了小婷的老公，李翘跟了在黑社会做事的豹哥（曾志伟 饰）。然而因为邓丽君，两人的缘分并没到此为止。

鸣梁海战续集也将提上制作日程。据片方介绍，续集计划采用中韩合拍的方式，届时有望在中韩两国同步公映，这样一来两国影片上档时差将被彻底打破。历史上，鸣梁海战之后第二年也就是1598年，中朝水军和丰臣秀吉的日本海军进行了露梁海战，朝鲜将领李舜臣（崔岷植在《鸣梁海战》中的角色）和大明将领邓子龙联合指挥并取得大捷。如果中韩真的能合拍续集，应该就是拍摄这个故事，邓子龙将由中方哪位男星出演和崔岷植飙戏让人期待。