市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。

影片分为三个短片。小玉（林慈恩 饰）是一个非常喜欢幻想的中国女孩，平日里，因为肤色和性格，小玉常常受到同班同学的排挤和嘲笑，她只能将自己的精神寄托到一位名叫大卫的老师身上。小玉喜欢读色情小说，她常常将自己和大卫幻想成小说里的男主角和女主角。凯涵是刚刚升上大学的校园新鲜人，本以为迎接他的会是充满了欢乐的校园生活，哪知道这生活还没开始，一连串的意外就将他打得措手不及。甚至最终逼得他走上了犯罪的道路。小薰怀揣着对于爱情和生活的美好幻想从高雄前往台北，哪知道因为一场错误的恋爱而彻底走上了人生的企图，沦为卖淫小姐。

故事发生在六十年代末期，安妮（克里斯汀·拉蒂 Christine Lahti 饰）和亚瑟（贾德·赫希 Judd Hirsch 饰）是反对越战的激进分子，为了坚持他们的主张，两人表现出了很多过激行为，最终，他们因为在政府实验室里放置炸弹而遭到了当局的通缉和追捕，从此，安妮和亚瑟过起了东躲西藏的流离生活。丹尼（瑞弗·菲尼克斯 River Phoenix 饰）是安妮和亚瑟的长子，某日，他邂逅了名为罗娜（玛莎·普林顿 Martha Plimpton 饰）的女孩，罗娜的聪慧和机敏令她周身散发着不可抵挡的吸引力，很快，丹尼就坠入了爱河。罗娜的存在让丹尼对居无定所的日子产生了厌倦，他希望能够安定下来，有一个真正的“家”，可是，对于他的父母来说，这个简单的愿望有可能会导致无法挽回的悲剧。

故事开始于虚构的中国最东边的小岛“东极岛”，智力低下的青年胡生（高华阳 饰）讲述了关于他的两个哥们儿——马浩汉（冯绍峰 饰）和江河（陈柏霖 饰）的故事。浩汉在外闯荡多年后回到故乡，却发现全岛面临着拆迁问题，而他最好的朋友，岛上唯一的老师江河也将被调到更为偏远的地区。于是 浩汉做出了一个决定，那就是开车送江河去三千多公里外的学校报到。兄弟三人踏上了前所未有的旅程，途中他们见了当临时演员的童年玩伴周沫（陈乔恩 饰），误入歧途的苏米（王珞丹 饰），还有浩汉心仪多年从未见面的笔友刘莺莺（袁泉 饰），以及不羁的摩托车手阿吕（钟汉良 饰）。看似平常的旅程却暗藏伏笔，浩汉和江河最终走到了终点，开始了截然不同的人生轨迹。本片是著名作家兼赛车手韩寒的电影导演处女作。