故事发生在当代的人间江南小镇和神界。门神神荼和郁垒是两兄弟。因为近年人间不再关注神仙，神界经济萧条，门神、土地爷、八仙等等小神们面临下岗失业的危险。门神郁垒决定去人间，做一番惊天动地的事情，证明门神的价值。郁垒和神荼先后来到人间，遇到了小镇上的单亲母女小英和雨儿，之后发生了一系列意想不到的有趣惊险故事……

大清康熙四十九年十一月十一日，康熙率太子与和硕雍亲王在木兰围场狩猎，雍亲王偶遇李佳氏，后李佳氏在木兰围场生下雍亲王四子弘历。康熙五十九年，康熙在狩猎中遇险，增得少年弘历相救脱险，弘历巧对对联，获得康熙欢心。弘历继位后改元乾隆，乾隆在位时设立了四库全书馆，编篡了四库全书 。四库全书的总编纪晓岚在书房因天热未着衣工作遇乾隆驾临，只好躲在桌下，但仍被乾隆叫出来，幸好机智妙解“老头子”，乾隆准其不着衣工作。刘墉晋见乾隆，争得“罗锅”封号，一年可多两万两俸禄，乾隆心有不愿，暗中命人出题刁难，被刘墉一一化解。最后乾隆让刘墉跳冰窟，刘墉领命后站在冰窟旁许久，后晋见乾隆，说是遇见屈原，让问问乾隆是否是逼死大臣的昏君，乾隆无奈只好放过他。乾隆十六年，乾隆奉皇太后南巡到扬州，为体察民情，乾隆假扮商人撇下侍卫一人微服出访。在扬州最著名喝荤茶的一乐园茶楼，乾隆遇到只卖水的茶楼，在多嘴店小二的指点下，才知道原来扬州喝荤茶的茶楼卖的是各种小吃和酒水，唯独没有茶叶卖。乾隆只得去对面茶庄买茶叶。在店小二声情并茂、沫横飞花地给乾隆介绍了“人到扬州老，船到瓜洲小”，因为扬州人客气才称他为老太爷，而在广州更是称人都称“佬”，给乾隆上了一堂趣味盎然的民间风情课。乾隆在品尝美食之时，偶尔看到茶楼下有位年青人手捧《春秋》守着菜摊，从店小二那得知年青人叫周日清，其叔是翰林院翰林，但为官清廉，退休后贫病交加，只告周日清每日卖菜糊口。正说着，遇到两官差来要捐钱，周日清交不出来。从店小二的嘴里得知，原来是叶洪昀在扬州假传圣旨设了邻捐局，凡是做生意的都要捐钱。正说着，楼下的两官差因为收不到钱开始欧打周日清，周日清被逼无奈出手自保，而乾隆因为给周日清加油助威而受到在茶楼喝茶的众多官差的围攻。当两人打败众多官差后要去喝茶时，才发现刚才还人声鼎沸的大声已是成人空巷，众商家和老百姓为求自保户户门窗紧闭。无奈，乾隆只得坐在大街中间休息。这时，叶洪昀带众官差前来要拘捕乾隆，但被乾隆的气势镇住，随后而来接驾的鄂容安证实了乾隆的身份。店小二因为在之前跟乾隆的谈话中痛骂乾隆，得知刚才的客气即是乾隆时，无奈之下只好上吊自杀，关键时刻被乾隆命人救下。之后周日清加官为乾隆牵马。店小二也被乾隆任命为官员。叶洪昀之流的贪官被惩治。

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。

五百年前，邪姬（邱月清 饰）被高僧藏生大师的心脏所镇压，无法作恶，如今期限已过，重出江湖的邪姬决心夺走魔君的女儿彩衣（周慧敏 饰）以助长自己的魔力，替自己报仇雪恨。微波派掌门白眉师太早就料到邪姬此举，在很多年前便将彩衣收入门下，并且对其隐瞒了她的真实身份。白眉师太相中了阳年阳月阳日出生的极阳之人廖震（倪震 饰），希望他能够镇压彩衣身上不断出现的魔性，然而成婚之日在即，廖震居然离家出走，拜在传真派门下学道，与此同时，传真派弟子丘处南（冯淬帆 饰）和邓天光（楼南光 饰）亦在追求白眉师太手下的敏儿（张敏 饰）和阿燕（司马燕 饰）。廖震和彩衣在不知彼此身份的情况下相遇，一来二去之中，竟然生出了真正的情谊。